大部分骨髓炎能夠徹底治好，尤其骨髓炎早期、沒有發生慢性骨髓炎之前，一般治療效果比較好。通過綜合治療，包括抗生素治療、手術治療、術後連續護理，通常能夠恢復正常，術後反覆也較少出現。

若早期沒有發現或處理不當，疾病遷延，骨髓炎則會擴散並引起多處骨感染，此時治療比較棘手。如對於單純脛骨骨髓炎錯誤使用激素，導致細菌廣泛擴散，肺部、胸腔、髂骨等多處形成膿腫，此時治療比較棘手，治療費用也更高昂。