慢性骨髓炎治療較困難，根據病情輕重、病因，以及個人體質、治療方法不同而定。大部分慢性骨髓炎可控制症狀，部分慢性骨髓炎可治癒，但仍存在少部分慢性骨髓炎不能治癒，極少數慢性骨髓炎患者可出現肢體截肢現象。

慢性骨髓炎主要是由於骨感染後，出現較嚴重的局部病灶，可誘發出新的骨壞死，並且阻滯全身藥物及其他治療效果。目前隨著藥物治療骨髓炎的進展，包括特殊製劑應用控制與治療，以及手術方法進展包括切除大段病灶、良好的皮膚修復，以及骨水泥、骨延長技術進展，可使多數慢性骨髓炎症狀得以控制甚至好轉。

部分骨髓炎患者經過積極治療，身體狀況較好且恢復較理想，但部分慢性骨髓炎由於病情較廣泛，較難清除病灶。此外，患者個人體質較弱且長期患病，身體癒合能力與抵抗力較差時，病情反覆難以治癒，甚至部分慢性骨髓炎出現大段骨壞死與關節破壞，關節喪失正常功能，可能需要截肢。