急性指骨骨髓炎應該及時的進行徹底清創處理、徹底清除感染的骨組織、死骨和軟組織。手術以後根據藥敏試驗選擇敏感的抗生素進行全身的抗感染治療，大約需要1-3個月，防止其轉變為慢性的骨髓炎。

如果已經形成慢性的骨髓炎則需要徹底地刮除病變組織，並徹底的切除竇道以及周圍的皮膚軟組織，徹底清除死骨，骨缺損處填塞抗菌素、人工骨或抗菌素骨水泥。術後需要用石膏或外固定架進行固定，防止病理性骨折的發生，同時進行全身的抗感染治療，待感染控制以後再進行二期的植骨以及皮瓣的修復來修復手指的創面，對嚴重指骨骨髓炎如果不能夠治癒則需要進行截指手術。