慢性骨髓炎的治療需要多層面的手段，除了抗生素抑制、外科手術清創和重建外，還應考慮到患者的伴隨疾病，並進行恰當的處理，如優化糖尿病患者的血糖、戒菸和對於肝腎功能不全的治療。慢性骨髓炎如不手術難以治癒，抗生素很少能徹底治療各種原因引起的感染。慢性骨髓炎的根治一般需要徹底的外科手術清創和無效腔處理，聯合有效的抗生素治療，局部手術清創聯合抗生素治療，並輔助營養支持治療，可減輕患者的痛苦和限制竇道的分泌。治療方法的選擇必須根據患者的具體情況進行個體化評估。慢性骨髓炎治療過程中需要進行多次手術，因為可能會造成骨頭缺損、皮膚缺損。此時往往需要使用顯微外科手段干預，如骨瓣移植、骨皮瓣移植。