骨髓炎往往需要多次手術或徹底清創，因其經常造成較大的無效腔以及複雜的骨和軟組織重建骨的不穩定性，需要抗生素骨水泥、開放植骨術、可降解的抗生素緩釋系統、閉合負壓引流術等技術進行治療。在重建過程中，還需要與精於組織覆蓋手術的醫師合作，這類手術包括皮膚移植、肌肉和肌皮瓣移植，有時還需要應用遊離皮瓣移植技術。骨髓炎殘餘期感染的症狀及體徵包括竇道流膿完全消失、骨質硬化、骨質的血供和強度已正常、鄰近組織均出現瘢痕化。如果有竇道存在，皮膚與骨質可粘連在一起，這種組織受傷常導致皮膚破潰，並能引起感染復發，有時難以區分骨髓炎殘餘期與慢性緩解期。骨髓炎殘餘期的治療包括下肢不等長、成角畸形及關節畸形，必要時鬆解攣縮瘢痕，並用肌皮瓣代替粘連瘢痕組織。