藥物相關性骨髓炎的預後不是很理想，但是也需要區分對待。如果骨骼受到藥物的干擾非常大，將來就有可能再次發生，或者說經過治療以後又可以再次復發。預後在不同的部位也不一樣，上頜骨發生藥物相關性骨髓炎的預後要比下頜骨好，因為上頜骨一旦去除以後，整個竇腔敞開處於一種長期引流的狀態，一直到骨頭修復，出現明確的界限，這時候可以進行關閉傷口，把引流口完全關閉，病人的預後比較好。下頜骨不一樣，下頜骨往往受到體位的影響引流不暢，而且如果去除不乾淨以後更容易復發，所以相對預後可能比較遷延。所以病人一旦骨頭暴露，手術以後不能癒合，需要比較長時間的換藥，病人還是有一定的痛苦。