質子治療脊索瘤後會復發。任何腫瘤經過放療後，都有可能存在復發。質子治療在治療上，與常規調強的放療不同，質子治療是利用物理學優勢，即利用Bragg峰，因此複發率較常規調強有所下降。

此外，腫瘤復發還與很多因素有關，包括治療方式、治療手段，此外，也與腫瘤本身的生物學活性密切相關，若腫瘤的生物學活性高，則相對容易復發。同時，質子治療的優勢在於腫瘤局部劑量比較高，對正常組織損傷比較小，所以質子治療脊索瘤，相比常規放療、調強放療，複發率有所下降。