自身免疫性肝病根據其不同的類型，則治療方式不同。自身免疫性肝炎患者，如轉氨酶升高十倍以上，或轉氨酶升高五倍、IgG升高兩倍，或病理提示有橋接壞死，可使用激素配合免疫抑制劑治療。

原發性膽汁性肝硬化患者，目前公認的治療方案是牛磺熊去氧膽酸，可調節免疫、改善膽管損傷的程度，減少肝硬化發生的幾率。