自身免疫性肝病的鑑別診斷如下：

1、該病包含自身免疫性肝炎、原發性膽汁性膽管炎以及原發性硬化性膽管炎，其臨床表現無特異性，可通過血液生化檢查、免疫學檢查、影像學檢查進行鑑別；

2、與酒精性肝病相鑑別：長期飲酒的患者GGT、ALP、AST均可升高；

3、與非酒精性脂肪性肝病相鑑別：免疫性肝病注意與非酒精性脂肪性肝炎相鑑別；

4、與藥物性肝病相鑑別：膽汁淤積性肝損傷需與原發性膽汁性膽管炎和原發性硬化性膽管炎相鑑別；

5、與Wilson病（肝豆狀核變性）相鑑別：其主要生化表現為銅藍蛋白升高等。