自身免疫性肝病的嚴重程度因人而異。因為是免疫相關性疾病，部分患者可無自覺症狀，多由體檢發現，但患者可通過免疫刺激誘發嚴重併發症，如肝衰竭，甚至導致患者死亡。以自身免疫性肝炎為例，如果不治療，患者三年生存率只有50%，五年生存率為10%；如果治療及時，患者兩年生存率達到80%以上。建議患者進行早期診斷，早期治療，以免延誤病情。