食管炎指食管下段黏膜糜爛，患者通常並不需要服用阿莫西林。食管炎與胃食管反流相關，由於食管和胃的交界處賁門鬆弛導致胃內容物，如胃酸反流到食管，引起食管黏膜損傷。食管炎是由於胃酸或膽汁引起的物理、化學性損傷，並不是細菌感染所引起，所以並不需要服用阿莫西林。

如果食管炎與幽門螺桿菌感染相關或是其他細菌感染所引起，可以服用阿莫西林，但這種情況較為少見，建議食管炎患者減少食用辛辣、刺激、過甜食物，避免飽餐後立刻平臥。還可以應用抑酸藥和黏膜保護劑進行治療，常用抑酸藥有拉唑類藥物，如雷貝拉唑、奧美拉唑等。而常用的胃黏膜保護劑有鋁碳酸鎂、鋁鎂加等。