黴菌性食管炎患者往往合併免疫功能低下的疾病，這種情況需要治療原發病。

而黴菌性食管炎本身的治療需要使用制黴菌素片、伏立康唑片等，在抗真菌的同時還要服用抑酸藥物，包括奧美拉唑、雷貝拉唑、蘭索拉唑，同時還要服用增加胃腸動力的藥物，如嗎丁啉、莫沙必利等。很多黴菌性食管炎患者往往合併營養不良，需要加強營養，改善患者體質弱的情況。