食管炎很多原因，最常見的是反流性食管炎，此外，如外傷吃異物引起食管劃傷，吃了特別燙的東西引起食管損傷，以及吃了藥然後又不多喝水，稱為藥物性食管炎，即藥物貼在食管黏膜表面，引起食管損傷。

還有自身免疫性疾病，如白塞病也可以引起食管潰瘍，克羅恩病也可以引起食管潰瘍，這些少見疾病一般都要對因治療。

如果僅僅是外傷引起的，可以吃食管黏膜保護劑，如含鋁的鋁鎂加混懸液、鋁碳酸鎂片、磷酸鋁凝膠，這一類直接保護食管黏膜的藥物。

如果是反流性食管炎，就是胃酸往食管反，然後引起食管黏膜損傷，治療以抑制胃酸為主，就是反上來的液體不酸了，對食管刺激就消失了。給食管黏膜癒合的機會，這種食管炎一般吃抑制胃酸的藥，吃夠八週，食管炎癒合率可以到98%以上。

此外還是有輔助藥物，如食管黏膜保護劑，促進胃運動的藥物，這些藥物對反流性食管炎也是有輔助治療作用的。