如果是扁桃體炎急性發作，病人咽部微痛，但咽東西不受影響。從中醫角度講可能是外感風熱導致，治療要疏風清熱、利咽止痛，可用清熱解毒、消腫利咽的藥物治療，如藍芩口服液或中藥代茶飲，如板藍根或菊花、蘆根、甘草等代茶飲，大多數患者都能緩解。但如果病人疼痛嚴重，伴吞嚥困難、頭痛、發燒，檢查提示血中白細胞和中性粒細胞升高，則考慮細菌感染，需靜脈點滴抗生素，一般3-5天就可以緩解。
慢性扁桃體炎病人咽部不適，有時候有異物感、少量痰，可以口服中成藥治療，如養陰清肺口服液等。如果病人急性扁桃體炎反覆發作，比如有的患者1個月發作1次，每次都發燒，必須得輸液才能恢復，這類患者建議手術切除扁桃體，以徹底治癒，如果不切除則會反覆發作。若患者扁桃體出現生理性肥大，Ⅱ度或者Ⅲ度，導致病人睡覺打呼嚕，影響呼吸和吞嚥，也建議手術治療。若扁桃體炎引起全身的併發症，如類風溼性關節炎、心肌炎、腎炎等，也要手術切除，避免併發症的發生。