扁桃體囊腫不一定要採取手術治療。扁桃體囊腫與皮膚皮脂腺囊腫是相同道理，屬於腺管堵塞後引起局部膨隆，結構是皮包水或者豆腐渣樣物質。手術治療是否需要做，主要由發生位置對咽部主觀症狀影響以及發展變化決定。生長位置如果擠壓周邊器官較明顯，如向前突刺激舌根、向後突刺激咽喉壁，同時引起咽部不適感以及舌根異物感，這時需要做手術治療。

還有是扁桃體囊腫進行性增大，說明腺管上皮活躍，不斷產生分泌液，如火山噴發，屬於活動期需要進行治療。同時，扁桃體囊腫如果發生局部黏膜潰爛和炎性變化，切除後需要進行病理化驗，明確有無相關情況。