扁桃體發炎用藥首先根據感染類型判斷。扁桃體發炎主要分為病毒感染與細菌感染。病毒感染程度較輕時只需要進行對症治療，如果感染類型比較特殊，如傳染性單核細胞增多症，需要給予一定抗病毒藥物。細菌感染常見細菌是肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌或金黃色葡萄球菌，這些菌群都屬於較敏感菌群，是需氧菌群，推薦使用藥物有頭孢一代、二代和青黴素類藥物。頭孢分一代、二代、三代和四代，三代和四代對扁桃體發炎菌群治療也有效果，只是沒有一代、二代頭孢敏感。不推薦使用高代抗生素，當扁桃體發炎明確是細菌感染時，首先推薦使用頭孢一代、二代類藥物。