口腔黏膜病需要找醫生規範治療，因口腔黏膜病有多種，每個病治療方法都不一樣。口腔黏膜科醫生會給予吃藥、打針，局部使用漱口水、潰瘍散、溼敷或局部封閉等方法來治療口腔黏膜病。近年來也採取激光、光動力治療及冷凍等物理手段，去除部分口腔黏膜病。

口腔黏膜病患者相當一部分有較嚴重的焦慮和抑鬱狀態，用焦慮和抑鬱評分表能為病人測出。這一部分病人特別需要在去除焦慮和抑鬱狀態的基礎上再用藥，否則用藥效果不好。口腔黏膜病還需要結合其他全身疾病的治療，才能得到徹底地治癒。