凡有上消化道症狀的患者，經過各種檢查未能確診，原因不明的上消化道出血，食管及胃內腫物的取出、息肉的切除等，都需做食道鏡下活檢。食道做活檢時會帶來一些危害：

1、造成吸入性肺炎：由於吸入唾液或者胃鏡頭端誤入氣管，或由於局麻外傷，產生輕度的暫時的咽部運動功能失調；

2、出血：黏膜損傷撕裂或插鏡後反覆劇烈嘔吐，可導致出血。故操作過程中動作要輕柔，誤用暴力，防止插傷出血，同時活檢時應避開大血管；

3、穿孔：食管穿孔是最嚴重的併發症，但很少見，多為進鏡時用力過猛，或企圖盲目進入食管導致的，可引起胸痛、縱隔及皮下氣腫、氣胸及胸水、氣管瘻等；

4、心血管意外：對高血壓患者進行食管鏡檢查的時候，應嚴格掌握指徵，必須實行心電監護，一旦出現症狀要及時搶救。