肺腦綜合徵治療要改善通氣，要保持呼吸道通暢。缺氧時要適當的氧療，氧療時如果有二氧化碳瀦留的情況，需要低流量吸氧，排出二氧化碳，改善通氣，可以用部分支氣管擴張劑，有炎症抗炎治療，充分改善通氣，如果有腦水腫、腦細胞功能障礙的情況，可以用部分減緩腦水腫的藥物。

肺腦綜合徵不是標準的術語，一般是指的肺性腦病，廣義的肺性腦病是指由肺疾病引起腦的功能障礙，主要是腦水腫的表現，狹義的肺性腦病指慢性阻塞性肺病、阻塞性通氣功能障礙引起的腦功能障礙，主要表現為意識障礙、煩躁、嚴重時可表現為昏迷。