乙型肝炎E抗原屬於乙肝病毒核心顆粒中一種可溶性蛋白質，是乙肝五項中的第3項，乙肝E抗原陰性的原因主要如下：

1、未被感染過：乙肝病毒的健康人群，此時除乙肝E抗原陰性，乙肝五項中其他指標同樣為陰性，表示從未被感染過乙肝病毒，而接種過乙肝疫苗併產生抗體的人群，僅會有乙肝五項的第2項，即乙肝表面抗體陽性；

2、感染過乙肝病毒：乙肝患者E抗原陰性，常是因為患者發生持久的血清學轉換，由乙肝五項中第1、3、5項陽性，即大三陽，轉變為乙肝五項中第1、4、5項陽性，加小三陽，或乙肝五項中第1、5項陽性，即小二陽。此時患者常處於乙肝免疫控制期，乙肝病毒DNA定量多為陰性，代表病毒不復制或低水平的複製，傳染性很低。如果乙肝E抗原陽性，即大三陽，常代表病毒複製活躍，患者具有很強的傳染性。如果乙肝五項第4、5項陽性，此時提示患者既往感染過乙肝病毒，或處於乙肝感染恢復期。如果乙肝五項第2、4、5項陽性，表示患者既往感染過乙肝病毒，但已經恢復了，並且在體內產生保護性的抗體。