平足症疼痛的位置通常在足外側、足內側兩個部位。足內側疼痛通常位於足弓頂點，這個部位有一條脛後肌腱穿過，脛後肌腱長期牽拉導致足內側疼痛，足底軟組織長期受力導致足底內側疼痛。

後期因為後足外翻、前足外展出現腓骨和跟骨撞擊，是外側結構撞擊導致疼痛。內側結構長期受壓出現疼痛，所以平足症病人會有內側疼痛，沿著小腿後側到足底一條線的疼痛。部分患者足外側沿著最突出部位的腓骨骨性結構的疼痛，或肌腱卡壓，所以疼痛可能是針對內側和外側為主的整體性踝周疼痛。