胎兒肺動脈狹窄原因與房間隔缺損相同，目前並未得出確切的定論。臨床上通常認為與母體在懷孕早期1-3個月之內感染、感冒有關，因此感染、感冒可造成多種先天性心臟病，肺動脈狹窄也為其中之一。

除感染因素外，也可由遺傳因素導致。若親屬患有此類疾病，患兒也可能具有此類遺傳因素，患病的風險可明顯增加，此外也可由染色體突變因素導致。臨床上對於某位患者確切的病因，醫生一般無法做出確切答覆。