大多數肺動脈高壓不能達到根治，但是可以通過治療包括藥物治療、針對病因的治療，達到控制的作用。肺動脈高壓並不是獨立的疾病，可能有較多的病因。比如肺動脈出現血栓、栓塞，會導致肺動脈的壓力增加，出現肺動脈的高壓。由於肺動脈栓塞導致的肺動脈高壓，可以進行抗凝的治療、降肺壓的對症治療。

特發性的肺動脈高壓，可能沒有明確的病因，會出現廣泛的肺小動脈痙攣，導致肺動脈的壓力升高。這種疾病可能無法根治，但是可以通過肺動脈高壓的靶向藥物，比如波生坦片、安立生坦片等內皮素的受體拮抗劑、枸櫞酸西地那非片、前列腺素等藥物。通過肺動脈高壓的靶向治療，來改善肺動脈高壓，改善患者的症狀和預後。