心內膜墊缺損屬於複雜畸形，通常無法自行恢復。正常的心臟結構類似於田字，心內膜墊指中間的十字，如果齲損，必須通過手術的方式修補，才可達到治癒目的。心內膜墊缺損分為完全型心內膜墊缺損和簡單型心內膜墊缺損，簡單型心內膜墊缺損即部分型心內膜墊缺損，部分型心內膜墊缺損症狀較輕，一般在患者4-5歲時會發現。

完全型心內膜墊缺損屬於比較複雜的畸形，需要及早處理，通常在患兒3-4個月時即可做手術。首先需修補瓣膜，如修補存在裂隙的二尖瓣，其次需修補室間隔缺損和房間隔缺損，上訴操作均需通過體外循環心內直視手術才能完成。