兒童肥厚型心肌病的預後與多個因素相關，具體如下：

1、產生肥厚型心肌病的原因是特發性的，且合併遺傳代謝性疾病，發病年齡較小而且病情嚴重程度較重的患兒，一般預後較差；

2、合併遺傳代謝病，如龐貝氏病的患兒，同時合併心肌肥厚，需要特定的藥物治療。如果不能進行及時治療，其預後較差；

3、肥厚型心肌病，若同時合併惡性心律失常，其猝死的發生率也較高。

因此，患兒的預後與其年齡、合併疾病的狀況、有無猝死的家族史，暈厥的原因及左室肥厚的嚴重程度有關。並且且患兒在運動後的血液反應，及有肌鈣蛋白基因的突變存在，這些高危因素對兒童是預後不良的標誌。因此，對兒童一定要進行仔細評估，根據兒童的情況進行不同的觀察、處理，甚至有些兒童需要手術治療來改善其預後。