重症肌無力屬於神經系統自身免疫性疾病，通常患者應到神經內科就診，也可以到設施更為專業、更為細化的亞專業科室醫院，比如重症肌無力科、神經肌肉病科、運動障礙科，部分醫院會設置有重症肌無力科。

在疾病早期，患者可以出現眼瞼下垂、複視、眼部不適症狀，患者會誤以為是眼病，因此容易選擇到眼科就診。所以重症肌無力一旦出現眼瞼下垂，建議患者同時到眼科和神經內科就診，以避免誤診。除外眼科疾病，明確診斷重症肌無力以後，再進行科學、對症的用藥。

若經過後期檢查發現胸腺有問題，比如胸腺增生或者胸腺瘤，患者可以轉到胸外科就診。胸腺瘤切除是重症肌無力的有效治療手段之一，適合於全身型發病成年人和沒有手術禁忌症的重症肌無力患者，大多數患者在切除胸腺以後症狀會獲得顯著改善。需要注意手術以後，患者要及早回神經內科進行系統治療。而重症肌無力患者在經過科學、規範的治療後，預後會較好，部分可以治癒。