重症肌無力的原因較複雜，目前臨床認為是胸腺出現異常，同時因病毒感染，產生分子模擬現象，進而引發重症肌無力。臨床多認為重症肌無力是一種免疫病變，其發病機制與其他自體免疫病，如系統性紅斑狼瘡、類風溼關節炎類似，但具體發病原因，目前尚無明確答案，可能與遺傳基因易感性有一定關系，但非直接相關，並不能完全確定重症肌無力是遺傳性疾病。