結核性腦膜炎並非通過簡單的檢查即可確診，診斷依賴於腦脊液中是否存在結核菌，常見的檢查方法如下：
1、腦脊液塗片染色：該方法陽性率低於10%，如果腦脊液量較多，仔細檢查離心標本，檢出率可能增高，若能取得腦室液檢出率便會比較高；
2、腦脊液細菌培養：此方法一般需4-6周，且陽性率低於50%；

3、聚合酶鏈反應：即PCR進行檢查，此為檢測結核分枝桿菌的最快方法，具有高度敏感性，但假陽性率相對比較高；

4、病原菌二代測序檢查：此檢查敏感性和特異性都相對比較高，但檢測的費用較高，所以現階段還不容易普及。
因此結核性腦膜炎的確診，需結合患者結核接觸史、卡介苗接種史、既往結核病史、近期感染病史及臨床表現、實驗室檢查、影像學檢查等綜合判斷。