細菌性腦膜炎積極治療以後，顱內或者腦脊液的病灶基本消失，腦脊液基本恢復正常，這部分患者不容易復發，為臨床治癒或者基本治癒。對於抗菌藥物療程沒有充足完成、顱內病灶沒有消除、腦脊液炎症指標未恢復正常的患者，如果較早停用抗生素則會造成臨床復發。

對於復發的細菌性腦膜炎，需要複查影像學、腦脊液塗片培養、二代測序相應指標、腦脊液細胞學指標，以評判和決定是否繼續採用相應抗菌藥物完成療程、鞏固療效，從而獲得最終治癒。