隱球菌腦膜炎的致病菌是隱球菌，隱球菌屬有30多種，主要致病菌是格特隱球菌和新型隱球菌。隱球菌分佈很廣泛，如泥土、鳥的糞便，尤其是鴿子的糞便中有大量隱球菌存在。

當隱球菌吸入之後會沉澱於肺泡中，但是由於肺泡有吞噬細胞，有機體免疫功能，僅導致比較輕微的臨床症狀。而當免疫功能低下的時候，隱球菌可能通過血源播散到全身。隱球菌最易侵犯中樞神經系統，最終容易導致隱球菌腦膜炎，隱球性腦膜炎是致死率很高的疾病。