結核性腦膜炎會全身機體抵抗力下降，結核性胸膜炎之後產生結核性腦膜炎。後期治療有可能得到控制，但後期併發症也較多，如慢性頭疼、治療以後出現腦積水、無法得到有效控制，進而產生嚴重腦室感染、化膿性腦炎、腦膜炎、腦室炎。

一般慢性感染和結核性腦積水，通過長程超長時間引流，或者局部用藥能得到緩解。而至於腦室感染，進行積極治療，如腦室灌洗和長程引流，或者局部用藥，會對疾病有較好的治療，可縮短治療時間，提高患者生活質量，減少患者醫療花費。