腦膜炎的後遺症根據不同的病因，可能有所不同。一般病毒性腦膜炎的症狀比較輕，經過藥物治療的效果較好，甚至短時間之內部分患者可以自愈，後遺症就比較少。但是如果是化膿性腦膜炎，也就是細菌性腦膜炎，以及結核性腦膜炎的患者治療不及時，嚴重的患者可以出現死亡，部分患者可以出現癲癇。

還有部分患者顱底的炎症比較嚴重，比如結核性腦膜炎，這種情況可能出現多顱神經的受損，可表現為眼球活動異常、發音不清、吞嚥困難、飲水發嗆，甚至有些患者可能會出現腦積水的情況，這樣就會遺留一定的後遺症。所以腦膜炎根據病因的不同以及治療時機的差異，其後遺症的情況也不盡相同。