腦炎和腦膜炎的表現不同。腦炎指各種特異性及非特異性炎症，比如病毒、結核菌、細菌等引起的腦實質損害。一般患者會在頭痛、發熱、噁心、嘔吐等基礎上伴有神經功能損害，比如感覺、運動、認知功能障礙以及言語障礙、精神行為異常等表現。因為其是腦實質的損害，往往都會出現不可逆的情況。
腦膜炎的表現較腦炎輕，其表現往往會侷限為頭痛、發熱、噁心、嘔吐。但是特殊感染，如隱球菌性腦膜炎會引起腦脊液壓力極度升高，在緊急情況下，異常增高的腦脊液壓力會導致腦疝，出現呼吸、心跳驟停等生命危險情況。總之，腦膜炎炎症會侷限在腦膜，往往及時就診和治療之後不會存在很多或者明顯的神經系統缺損等後遺症。