真菌性腦膜炎往往是亞急性起病，也可是慢性起病，2周以上就會出現典型的腦膜炎症狀，如頭痛、噁心、視物模糊等，甚至於出現癲癇、抽搐表現。根據真菌的致病性不同，其臨床表現也輕緩不同。如較常見的隱球菌腦膜炎導致的症狀相對較輕，經過正規治療，大部分患者都可徹底治癒。但是麴黴菌引起的顱內病變，其病情進展較快，抗麴黴菌治療的藥物，如棘白菌素類、伏立康唑，這些藥物都可起到較好療效。