細菌性腦膜炎，其後遺症是根據其是否能及時診斷、治療。只要是正規治療，多數患者不會留下後遺症，少數情況下因為出現腦膿腫，所以導致腦功能區受累及，患者會有記憶、語言、肢體運動導致的後遺症，甚至於會有癲癇的長期發作。這些併發症多數經過治療後可逐漸緩解，但是有些後遺症為終身性。所以對於細菌性腦膜炎，甚至於化膿性腦膿腫患者，治療一定要用強殺菌劑，要使用在腦脊液濃度較高，能透過血腦屏障的抗菌藥物，而且用殺菌劑最好是兩種藥物聯合使用，療程、劑量要足，才能儘快將細菌清除，不留後遺症。