微血管減壓手術引起頭疼的原因如下：

1、術中蛛網膜下腔出血，由出血刺激導致；

2、手術刺激可導致局部血管痙攣，手術以後患者可能會出現頭疼；

3、由於存在切口，在麻醉藥物的藥效消失後引起頭皮疼痛；

4、微血管減壓之後，由於顱內腦脊液流失過多，患者可以出現低顱壓並引起頭痛。

所以微血管減壓術後建議患者臥床，在48小時以後再坐起活動。