多發性硬化症是一種中樞神經系統脫髓鞘疾病，屬於是神經免疫系統的範疇，目前並沒有明確的發病原因和機制。臨床比較認可的是由多種因素造成，主要包括有病毒感染和分子模擬學說，主要說明在病毒感染之後，激活了人體的免疫系統，然後使免疫系統產生一種交叉免疫反應。所謂自身免疫反應學說就是說明，因為前面的一種外界因素干擾，激發了自身免疫反應，一般患者都會有一種遺傳致感因素。在致感因素情況下，患者的免疫調節機制相對會比較差，個人機制對於自身的蛋白和外源抗原，不能容易進行區分，此種情況下就會產生一種盲打，就好像是殺敵一百自損八十的狀況。
另外，多發性硬化症具有遺傳因素，但是比例比較少，同時地理因素在多發性硬化症的發病起因中也是佔有非常重要的分量。距離赤道越遠的地方，比如高緯度地區的發病率就會越高，低緯度地區發病率相對較低，我國和日本處於相差不多的緯度，所以發病率通常是比較相似。另外，由於疲勞、情緒激動，包括部分激素的中途停藥，都可以誘發多發性硬化症的發生和加重。