吉蘭-巴雷綜合徵是免疫介導疾病，危險之處在於累及呼吸肌，影響患者通氣，可以致命。在過去急性期患者死亡的主要原因是累及呼吸肌，死亡率可達30%。

在最近幾十年，我國醫療衛生條件大幅改善，因為呼吸肌受累而導致的死亡率已經下降到5%。患者癱瘓經過急性期的藥物治療、免疫治療、營養治療以及後續康復治療，絕大多數患者預後較理想。