眼肌麻痺最佳的治療方法是根據病因進行治療，常見病因以及處理如下：

1、腦內疾病：如果是缺血性腦血管病，需要給予控制腦血管病的治療，比如抗血小板、抗凝以及他汀類降脂藥物等，同時輔以積極的康復鍛鍊，多數可以恢復較好；

2、周圍神經損害：需要看神經損害的病因，如果是壓迫所導致，需要看壓迫的原因能否去除，必要時需進行手術治療；

3、炎症性：需使用營養神經、調節免疫相關藥物，比如丙種球蛋白、激素類藥物以及免疫製劑；

4、神經肌肉接頭疾病：如自身免疫相關的重症肌無力，需要使用調節免疫的藥物，以及對症治療，如果僅是輕型眼肌型，通常使用溴吡斯的明，如果合併了全身發展情況外，可能需要使用激素、免疫抑劑，或者丙種球蛋白，需要根據不同的嚴重程度決定；

5、肌肉疾病：可能是獲得性因素，比如炎症、甲亢相關等，需要根據原發病進行治療。如果是線粒體腦肌病出現眼外肌麻痺，上瞼下垂非常明顯，除了對自身疾病治療之外，可以考慮進行手術治療。