甲氨蝶呤可以治療強直性脊柱炎，強直性脊柱炎是一種自身免疫性疾病，主要引起骶髂關節及脊柱等慢性無菌性炎症，出現腰骶疼痛、活動受限、僵硬。

甲氨蝶呤是一種治療慢性疾病的藥物，主要適用於柳氮磺胺吡啶或非甾體類抗炎藥治療無效時，它具有降低紅細胞沉降率、C-反應蛋白等改善局部症狀的作用，使患者得到較好的恢復。強直性脊柱炎無特效療法，應該積極的功能鍛鍊才可以得到更好的恢復。