強直性脊柱炎是一種具有高度遺傳性疾病，有明顯的家族聚集現象，目前認為HLA-B27基因位點與強直性脊柱炎的發病有明確關係。除了遺傳因素，還有感染因素，特別是感染，目前研究最多的是泌尿生殖系統感染及腸道感染。

泌尿系統感染比較常見的是沙眼衣原體感染；腸道感染有志賀菌、沙門菌和結腸耶爾森菌感染，認為可能和強直性脊柱炎的發病有關係。強直性脊柱炎患者在有遺傳易感基因的背景上，在環境因素，例如感染誘發下，導致自身免疫性炎症反應，可促使疾病發展。