腦炎後遺症的病因主要為治療不及時或者病情太重，如剛開始腦炎發病比較輕，患者認為可能是輕微感冒，沒有引起足夠重視，自己吃感冒藥，結果病情沒有得到控制，最後病情嚴重才來醫院，這時使用抗病毒藥物可能有拖延。另外，抗病毒要足量，週期足夠長。部分腦炎按教科書治三週即可，現在特殊病人都需要用2個月左右。

現對結核性腦膜炎診斷確實存在困難，拖後治療可能病人留下一定殘疾，隱球菌腦膜炎診斷較困難且藥物較昂貴，併發症較多，病人不能耐受，留有殘疾較多。化膿性腦膜炎較兇險，應注意抗生素選擇，所以最主要問題是及時救治，根據病情程度足量、足療程選擇藥物。