所謂腦炎後遺症治療即對症支持治療，如認知功能障礙，可服用維生素E、中藥複方蓯蓉益智膠囊，嚴重病人可以服用安理申。比如癲癇是常見後遺症，因腦袋受損、異常放電引起癲癇，癲癇服用藥物有多種，根據病人情況可以服用卡馬西平、丙戊酸鈉、苯妥英鈉。

如腦幹腦炎病人可能會遺留吞嚥困難、進食困難，可留置鼻胃管、鼻胃腸管進行腸外營養。重症腦炎遺留有肢體功能殘疾，這時需要康復訓練，如上肢力量、下肢力量，起立、蹲下、走路，找康復師進行專業培訓，所以整體來講腦炎後遺症的治療屬於綜合治療，不是某一個點治療，出現症狀都可以進行對症支持治療。