核磁共振即MRI，核磁共振可以觀察新生兒腦組織發育和成熟情況，主要用於檢查中樞神經系統疾病，如新生兒缺血缺氧腦病，分為早產兒缺血缺氧性腦病和足月兒缺血缺氧性腦病。

頭皮血腫、顱內出血，包括硬膜外出血、硬膜下出血、蛛網膜下腔出血、腦室內出血、腦實質出血、腦白質損傷、腦梗死、顱內感染性疾病，像細菌性腦膜炎、腦積水、顱內腫瘤、顱腦先天性畸形及發育異常，都可以進行核磁共振檢查。

另外，還可以檢查頭頸部疾病，如早產兒視網膜病、視網膜母細胞瘤；消化系統疾病包括先天性直腸肛門畸形；泌尿生殖系統和腹膜後間隙疾病，如新生兒腎上腺出血；骨骼與肌肉系統疾病，如髖關節發育不良。