對於乳糖不耐症的寶寶，建議採取低過敏源性的配方奶粉代替，比如說部分水解配方奶、深度水解蛋白配方奶，嚴重過敏者也可以使用氨基酸配方奶。

對於兩歲以上的孩子來說，因為已經逐步過渡到普通飲食，所以也可以用沒有牛奶蛋白的飲食來代替。輕、中度的牛奶蛋白過敏者食用深度水解配方奶粉，92%以上的過敏症狀可以得到緩解。