少數兒童內分泌失調會導致肥胖，包括庫欣綜合徵，會出現特徵性肥胖，即滿月臉、水牛背，特徵為中心性肥胖，肩背較厚，肚子大，臉上肉很多，但四肢細瘦。如果為內分泌疾病性肥胖，患兒還會有其它表現，如骨質疏松、皮膚較薄，皮膚有痤瘡、紅血絲，通過特定檢查可以確定有沒有腎上腺腫瘤，做腎上腺激素檢查可明確患兒有無皮質激素過多。

甲狀腺功能減退也會引起肥胖，患兒表現為精神狀態差，少吃少動，甲狀腺功能異常，原因可能是自身免疫性甲狀腺炎，也可能是甲狀腺功能先天性缺陷，患兒除了肥胖還會有其它症狀，如皮膚乾燥、矮胖、發育落後。如果患兒從出生就開始有甲狀腺功能減退，還會伴有智力落後。內分泌失調導致的肥胖只佔少數，多數肥胖與患兒生活方式及其它綜合因素相關。