橋本甲狀腺炎如果只是單純出現抗體增高，甲狀腺功能正常，絕大部分患者均無需進行特殊治療，只需要定期複查甲狀腺功能即可。如果複查後出現甲狀腺功能異常，例如出現促甲狀腺激素(TSH)增高，增高至10μU/ml以上，無論有無怕冷、乏力、浮腫等臨床表現，都需要應用甲狀腺激素進行替代治療。左甲狀腺素替代治療一般都是從小劑量開始，逐漸加量至完全能夠替代劑量，使甲狀腺功能維持在正常範圍。

橋本甲狀腺炎所導致的甲狀腺功能減退大部分需要終生應用甲狀腺激素替代治療，如果只是TSH高於正常值，但沒有超過10μU/ml，同時無任何臨床症狀可以不用激素替代治療，以觀察為主，定期複查甲狀腺功能，根據結果再決定下一步治療。