橋本甲狀腺炎是自身免疫性疾病，又稱慢性淋巴細胞性甲狀腺炎。橋本甲狀腺炎和遺傳有關係，環境因素也參與發病過程，主要是和高碘有關。大部分患者甲狀腺功能正常的，不需要治療。但是有部分患者出現甲功異常，若出現甲亢，需要用抗甲狀腺藥物治療，如甲巰咪唑、丙硫氧嘧啶。

若患者後期出現甲減，需要優甲樂替代治療，替代期間根據甲功、甲狀腺功能調整藥物劑量，用藥期間不能突然停藥。目前該疾病沒有根治方法，主要調整甲狀腺功能，把甲狀腺功能調整到正常。