造血幹細胞移植後常見的有以下幾種併發症：

1、感染。感染根據病原體的不同會表現為各種各樣的感染，比如病毒的感染，最常見的是鉅細胞病毒，還有EB病毒的感染，BK病毒，JC病毒的感染。細菌的感染，細菌最常見的是肺部的感染。還有真菌的感染，還有機會性的感染，比如耶氏肺孢子蟲的感染，這些都是移植後最常見的感染的類型；

2、移植物抗宿主病，分為急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病；

3、復發的問題，無論是良性疾病還是惡性疾病都會面臨這個問題；

4、出血性膀胱炎，這個主要與病毒感染有關；

5、免疫重建緩慢的問題，因為造血幹細胞移植後一般分兩個方面，造血重建和免疫重建，免疫重建的緩慢會使患者面臨各種各樣的感染可能。