貝那普利常用於治療腎病蛋白尿，雖然貝那普利的說明書上展示的作用是降壓，但貝那普利也可以用於治療蛋白尿。蛋白尿是由於腎小球基底膜受損，或腎小球濾過率增加、腎小球囊內壓增加等因素，導致血中的蛋白出現在尿中。

貝那普利能減輕腎小球高濾過的狀態，使腎小球濾過率降低，抑制血中的蛋白質出現在尿中，因此貝那普利有降低尿蛋白的作用。但貝納普利使腎小球濾過率降低，會導致個別患者腎功能下降、血肌酐升高。如果腎小球濾過率下降不超過30%，屬於正常生理狀態，無需太在意。